根据蛋白质的分子组成，蛋白质可分为两类：

简单蛋白质：仅含有氨基酸的蛋白质；

结合蛋白质：由氨基酸和非蛋白质成分组成。结合蛋白质中的非蛋白质成分称为辅基。

根据辅基的不同可将结合蛋白质分为：

核蛋白：如核糖体蛋白，

脂蛋白：如高密度脂蛋白，

糖蛋白：如血浆粘蛋白，

磷蛋白：如酪蛋白，

血红素蛋白：如血红蛋白，

金属蛋白：如醇脱氢酶。

根据蛋白质的空间形状可分为：

纤维蛋白：胶原蛋白、角蛋白、弹性蛋白、丝心蛋白；

球蛋白：溶菌酶；混合蛋白：肌动蛋白等。

根据蛋白质的功能性质分类：结构蛋白，生物活性蛋白，食品蛋白。